Deux des "Epîtres" de saint Paul sont adressées à Timothée, grand ami de l'Apôtre qui l'associa à sa mission et le consacra évêque d' Ephèse, après quelques pérégrinations faites en sa compagnie. La première lettre, une des Pastorales, fut écrite en grec, en un lieu et à une date incertains, probablement en Macédoien, après la première captivité romaine. Dans cette lettre, saint Paul instruit son disciple sur tous les devoirs qui incombent à son ministère, sur le gouvernement et la discipline de l' Eglise, et les conseille sur l'attitude à observer à l'égard de ceux qui ont sombré dans l'erreur et qui prêchent la désertion et la fausseté (I, 1-20). Le chapitre II est un admirable traité de fraternité, de charité envers les hommes, unis en une seule et immense famille dans son amour pour Dieu. Le chapitre III décrit la grandeur de l' épiscopat, et parle du mystère de l' Incarnation. Le chapitre IV est une peinture des faux docteurs qu'il foudroye avec toute la fougue de sa foi. La conclusion de l' "Epître" est une nouvelle expression de tendresse pour son disciple favori. Un voile de tristesse fait de cette "Epître" une des lettres les plus émouvantes de saint Paul. Son authenticité, contestée par quelques protestants et quelques rationalistes, est appuyée par la tradition patrologique.
La seconde lettre, également une Pastorale, fut écrite pendant l' emprisonnement à Rome, peu de temps avant le martyre de l'Apôtre, en 67. Saint Paul y manifeste son inquiétude pour Timothée encore jeune; la captivité accentue sa mélancolie, et le pousse à exprimer ses sentiments les plus profonds. Ainsi, cette seconde "Epître" est presque le testament de l' Apôtre, et son dernier message à son disciple. En même temps que serein et élevée, la lettre est pleine de comparaisons exquises, de descriptions pittoresques et de conseils qui révèlent la grandeur d'âme de l'auteur. La disposition des chapitres est en harmonie avec l'ordre des pensées. Dans la première partie, Paul exhorte Timothée à mettre en pratique la grâce de son ministère; après d'affectueuses recommandations, il met en relief la figure majestueuse de Jésus qui détruit la mort et révèle la vie et l' immortalité à travers l'Evangile. La seconde partie contient des conseils sur les manières de catéchiser les fidèles; on y trouve de belles comparaisons, comme celle du soldat qui cherche à plaire à celui qui l'enrôle ou de l'athlète qui lutte dans l'arène et qui n'est couronné que s'il combat selon les règles, ou encore celle de l'agriculteur qui doit travailler, s'il veut récolter les fruits. Enfin, dans une vivante description des hérétiques, l'Apôtre signale à son disciple les hérésies à combattre. La tendresse et l'émotion qui transparaissent dans cette lettre, rappellent le discours de la Dernière Cène et annoncent la mort imminente de l'Apôtre. L'authenticité de l'"Epître" est appuyée par les mêmes témoignages patrologiques que la précédente.
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